Nya Audi A6 fick det högsta betyget 5 stjärnor i Euro NCAP, det välrenommerade säkerhetstestet som har uppdaterats med nya utvidgade krav under 2018.  Audi A6 belönades med höga poäng både när det gäller skyddet för vuxna, barnsäkerhet, fotgängarskydd och assistanssystem.  Bl.a. bidrar standardmonterade Audi pre sense front till att kollisioner med andra fordon, fotgängare och cyklister kan undvikas genom autobromsfunktionen.

I Sverige ingår dessutom flera avancerade säkerhets- och assistanssystem som standard. Den nya adaptiva körassistenten inkluderar både adaptiv farthållare och filhållarfunktion samt kökörningsassistent. Effektivitetsassistenten gör att bilen både kan bromsas in och accelerera förutseende baserat på information som hämtas från sensorer,  navigationsdata och trafikskyltar. Audi A6 hämtar även in information från andra Audi-bilar som t.ex. upptäckt halka och varnar för det. Som standard ingår även autobromsfunktion vid vänstersväng, undanmanöverassistent och nödfallsassistent som säkerställer att bilen stannas om föraren inte reagerar på varningssignaler.

Bakom assistanssystemen i nya Audi A6 finns en rad sensorer som kompletterar varandra, med både radar, kamera, ultraljud och laserskanner som standard. All data från sensorerna sammanförs i den centrala styrenheten (zFAS), som hela tiden skapar en bild av omgivningen som tolkas och styr systemen.  Genom att alla data fusioneras arbetar assistanssystemen ännu mer exakt jämfört med tidigare generation.

Audi A6 har också höga betyg när det gäller skydd för passagerarna. Karossen består både aluminium och stål som med sin höga vridstyvhet är basen för den höga krocksäkerheten och de exakta köregenskaperna.